生物信息学

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服务介绍

转录组de novo测序     

       转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于临床诊断、基础研究和药物研发等领域。

      转录组De novo测序也称为转录组从头测序,不需要任何参考转录组序列资料,即可对某物种特定组织或细胞的转录本进行测序,用生物信息学分析方法进行拼接和组装,从而获得该物种相关的转录本信息。

      本公司转录组De novo测序技术具有以下特点:1.覆盖度高:直接测定几乎所有转录本片段序列;2.分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基及序列差异;3.鉴定范围广:可同时鉴定表达正常和稀有的转录本;4.任意物种的全转录组分析:无需设计特异性探针,无需任何参考序列信息,直接进行最全面的转录组分析。

服务内容

1.RNA抽提及测序

2.标准信息分析

   1).对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理

   2).数据产出统计及测序数据的成分和质量评估

   3).组装结果分析(Contig长度分布、Unigene长度分布)

   4).Unigene功能注释及COG分类

   5).Unigene的GO分类

   6).Unigene代谢通路分析

   7).预测编码蛋白框(CDS)

   8).Unigene表达差异分析(两个或两个以上样品)

   9).Unigene在样品间的差异GO分类(需两个或两个以上样品)和Pathway富集性分析

   10).SNP分析

   11).SSR开发及引物设计

3.个性化信息分析(≥ 5个样品)

   1).条件特异表达分析(适用于真核生物)

   2).主成分分析

服务说明

      1.样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品;

      2.样品需求量:细胞样品≥1×107个,动物组织≥1 g,植物组织≥2 g,总RNA≥10 μg;

      3.样品浓度:RNA样品≥100 ng/μL;

      4.样品纯度:OD 260/OD280在1.8-2.2之间,OD 260/OD230≥2,28S/18S≥1,动物样品RIN≥7.0,植物样品RIN≥6.5,RNA无明显降解;

      5.项目运转周期:标准流程的运转周期为约40个工作日;

      6.若另有疑问欢迎向本公司咨询,我们将竭诚为您服务。

质量承诺

      1. 准确可靠的转录组测序结果;

      2. 专业权威的测序结果分析;

      3. 真实的原始实验数据;

      4. 详细的实验步骤。