生物信息学

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服务介绍

Meta-genomics测序       

       宏基因组学(Meta-genomics)是将环境样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。宏基因组测序针对特定环境中全部微生物群落的基因组测序,能够全面了解微生物群落的分类和功能,且定量分析基因,进行基因功能注释和物种多样性分析。宏基因组测序能够对多个样品进行物种水平上和基因水平上的比较分析,找出有显著差异的物种和基因家族且进行聚类分析,一定程度上反应微生物的真实生存状态。

       本公司拥有最熟练的Meta-genomics测序技术和先进的测序平台。我们的Meta-genomics测序服务具有以下优点:1.覆盖度广:对特定环境中全部微生物群落的基因组进行测序;2.测序覆盖度高:单个测序不少于30M的reads数,产生至少5G可用数据;3.研究无偏性:宏基因组测序既能发现高丰度的物种,也能够发现低丰度的物种;4.研究功能强:不仅能够获得环境物种组成和丰度信息,还能够进行功能基因分型,比较样品间基因差异,研究物种间代谢网络。

服务内容

1.Meta基因组的提取并测序

2.标准信息分析:

    1) 数据过滤:对原始数据下机数据进行过滤(包括去除低质量及宿主DNA Reads),获得 Clean Data;

    2) 过滤后得到的Reads与已测数据库(包括细菌基因组、真菌基因组、古菌基因组等)比对统计,进行物种组成及丰度分析;

    3) 组装前评估: 组装前使用k-mer分析评估样品的测序深度;

    4) 组装: 使用SOAP de novo软件对Clean Data进行组装;

    5) 组装后统计: 分析组装后的Reads的GC含量和depth范围;

    6) 评价组装结果并撰写组装报告;

    7) 基因组组分分析: 前噬菌体分析、可转座元件分析、基因预测;

    8) 基因组功能分析,包括KEGG、CAZy、eggNOG数据库注释以及抗生素抗性因子分析。

3.个性化信息分析:

     对于多样品,进行物种及功能信息统计,比较样品间的差异并且筛选导致样品间差异的显著相关因子。

服务说明

      1.样品类型: DNA样品;

      2.样品需求量:≥5 μg;

      3.样品浓度:≥30 ng/μl;

      4.样品纯度:OD260/OD280在1.8-2.0之间,主带清晰,无降解,无污染;

      5.样品保存:干粉、乙醇、TE buffer或超纯水,并在样品信息单中注明,请勿反复冻融;

      6. 数据量:5-10G clean data/样本;

      7. 项目运转周期:标准流程的运转周期为约60个工作日;

      8. 若另有疑问欢迎向本公司咨询,我们将竭诚为您服务。

质量承诺

      1.准确可靠的Meta-genomics测序结果;

      2.专业权威的Meta-genomics测序分析报告;

      3.真实的原始实验数据;

      4.详细的实验步骤。